विवादास्पद सांसद अमृतपाल सिंह के समर्थन में कांग्रेस के लोकसभा सदस्य चरणजीत सिंह चन्नी की टिप्पणी उनकी पार्टी पर भारी पड़ती दिखाई दे रही है। यही कारण है कि बवाल बढ़ने के बाद कांग्रेस ने चन्नी के बयान से किनारा कर लिया है। कांग्रेस ने साफ तौर पर कहा कि चन्नी के विचार पार्टी की स्थिति को प्रतिबिंबित नहीं करते हैं। वरिष्ठ कांग्रेस नेता जयराम रमेश ने एक्स पर लिखा कि अमृतपाल सिंह पर सांसद चरणजीत सिंह चन्नी द्वारा व्यक्त किए गए विचार उनके अपने हैं, और किसी भी तरह से भारतीय राष्ट्रीय कांग्रेस की स्थिति को प्रतिबिंबित नहीं करते हैं।
हालांकि, चन्नी के बयान के बाद भाजपा कांग्रेस और गांधी-नेहरू परिवार पर हमलावर हो गई है। भाजपा प्रवक्ता शहजाद पूनावाला ने चन्नी की आलोचना करते हुए कहा कि राहुल गांधी की दादी और दिवंगत प्रधानमंत्री इंदिरा गांधी की हत्या के पीछे खालिस्तान का विचार था। उन्होंने कहा, “भारत के टुकड़े-टुकड़े चाहने वाले अलगाववादी के लिए बल्लेबाजी? राहुल जी को जवाब देना चाहिए – खालिस्तान के जिस विचार के कारण प्रधानमंत्री इंदिरा जी की हत्या हुई, उसकी सराहना की जा रही है !! कांग्रेस हमेशा अलगाववादियों और आतंकवादियों की वकालत क्यों करती है? याकूब, अफ़ज़ल, 26/11 के जिहादी, अब के आतंकवादी?”
केंद्रीय मंत्री गिरिराज सिंह ने कहा कि कांग्रेस सांसद चन्नी की टिप्पणी “दुर्भाग्यपूर्ण” है। उन्होंने कहा, “जिस खालिस्तानी ने इंदिरा गांधी की हत्या की, उसे आज चन्नी का खुला समर्थन मिल गया है, इसका मतलब है कि कांग्रेस खालिस्तानियों के साथ है। यह भारत की अखंडता पर हमला है… मैं क्या कह सकता हूं, मैं कहूंगा कि कार्रवाई होनी चाहिए।” केंद्रीय मंत्री हरदीप सिंह पुरी ने वार करते हुए कहा, “उन्होंने बजट पर कुछ नहीं बोला। उन्होंने आपातकाल पर बात की। मुझे लगता है चन्नी को नहीं पता। उन्हें पता होना चाहिए कि 25 जून 1975 को तत्कालीन कांग्रेस सरकार ने हमारे संविधान के साथ क्या किया। उन्होंने संविधान की हत्या की… उन्होंने आपातकाल की घोषणा की… चन्नी को इतिहास पढ़ना चाहिए और ज्ञान जुटाना चाहिए… आप पंजाब के पूर्व सीएम हैं। आपको 1984 के दंगों के पीड़ितों की विधवाओं से मिलना चाहिए।”
कांग्रेस सांसद मनिकम टैगोर ने कहा कि वह (चरणजीत सिंह चन्नी) लोगों के प्रति अन्याय और भेदभाव के बारे में बोल रहे थे और एक सांसद को गिरफ्तार कर लिया गया है… उन्होंने इस संदर्भ में बात की कि यहां तक कि एक सांसद जो मतदाताओं द्वारा चुना गया है वह संसद में आने में असमर्थ है जो दर्शाता है कई क्षेत्रों में अन्याय हो रहा है। कांग्रेस सांसद प्रमोद तिवारी ने कहा कि उन्होंने अपनी व्यक्तिगत भावनाएँ एवं विचार व्यक्त किए। कांग्रेस पार्टी के महासचिव संचार प्रभारी जयराम रमेश पहले ही कह चुके हैं कि ये उनके (चरणजीत सिंह चन्नी) निजी विचार थे। कांग्रेस सांसद गौरव गोगोई कहते हैं, “पार्टी को इस पर कुछ नहीं कहना है। यह उनका (चरणजीत सिंह चन्नी) निजी विचार था।”